Research Interest
Характеристика биофизических свойств нормальных и раковых клеток
Три изучает математику, физику и аэрокосмическую инженерию по программе двойного диплома в области передовых наук и инженерии в Сиднейском университете, Австралия. Затем он получил степень PhD химических наук по специальности «вычислительная биофизика» в Университете Монаша, Австралия.
После получения докторской степени Три присоединился к профессору Майклу Ширтсу из Университета Вирджинии, США, чтобы обучаться компьютерному дизайну лекарств, повышая эффективность и точность расчетов свободной энергии для взаимодействий белок-лиганд. Он определил оптимальный путь отклонения, который может уменьшить общую дисперсию на 30% по сравнению со стандартным путем. Это открытие облегчило вычислительный дизайн лекарств, предоставив быстрый и точный метод расчета свободной энергии.
В 2012 году Три получил престижную награду (SystemsX.ch Transition Postdoc Fellowship) от Швейцарского национального научного фонда за исследование механики асимметричного деления клеток (ACD) в лаборатории профессора Клеменса Кабернара в Биоцентре Базельского университета. В Базеле он объединил усилия с лабораторией профессора Даниэля Мюллера в ETH Zürich, чтобы использовать атомно-силовую микроскопию (АСМ) в сочетании с визуализацией живых клеток для измерения гидростатического давления и жесткости коры отдельной клетки в точном пространстве и времени во время митоза. Он показал, что ACD – это двухэтапный процесс, управляемый асинхронной релокализацией миозина и внутренним давлением. Далее он показал, что внутриклеточное давление играет важную роль в усилении физической асимметрии в асимметрично делящихся клетках. Он также разработал различные методы и наборы инструментов для облегчения эффективного анализа большого количества наборов данных изображений живых и фиксированных клеток. Он присоединился к кафедре биологии в качестве доцента в августе 2019 года.
Образование:
2005 – 2009 к.э.н. Магистр химической инженерии, Университет Монаша, Австралия
2001 – 2004 гг. – бакалавр, авиационная (космическая) инженерия, диплом с отличием I, Сиднейский университет, Австралия
2001 – 2003 гг. (Продвинутый уровень) Математика и физика, Сиднейский университет, Австралия
Research articles
Gallaud E, Ramdas Nair A, Horsley N, Monnard A, Singh P, Pham TT, Salvador Garcia D, Ferrand A and Cabernard C, “Dynamic centriolar localization of Polo and Centrobin in early mitosis primes centrosome asymmetry”, PLoS Biology, 18(8):e3000762, Aug 2020.
Tiantian Ji, Lina Zhang, Shengshuo Huang, Mingxi Deng, Ying Wang, Tri Thanh Pham, Clemens Cabernard, Jiguang Wang, Yan Yan, “Dynamic MAPK signaling activity underlies a transition from growth arrest to proliferation in Drosophila scribble mutant tumors”, Dis. Model Mech., 12(8), 2019.
Pham TT, Monnard A*, Helenius J*, Lund E, Lee N, Müller DJ and Cabernard C, “Spatiotemporally controlled Myosin relocalization and internal pressure generate sibling cell size asymmetry”, iScience, 13:9-19, 2019.
Roubinet C, Tsankova A*, Pham TT*, Monnard A, Caussinus E, Affolter M, Cabernard C, “Spatiotemporally separated cortical flows and spindle-induced Myosin confinement coordinately acts to establish physical asymmetry in fly neural stem cells”, Nat. Commun., 8(1), 1383, 2017 Nov 9. * Equal contribution.
Tsankova A, Pham TT, Garcia DS, Otte F, Cabernard C, “Cell cycle and polarity cues regulate biased Myosin activity and dynamics via Drosophila Rho kinase/Drok and Protein Kinase N/Pkn during asymmetric cell division”, Dev. Cell, 42(2):143-155, 2017 Jul 24.
L.N. Naden, T.T. Pham and M.R. Shirts, “Linear Basis Function Approach to Efficient Alchemical Free Energy Calculations. 1. Removal of Uncharged Atomic Sites”, J. Chem. Theory Comput., 10 (3), 1128-1149, 2014.
T.T. Pham and M.R. Shirts, “Optimal pairwise and non-pairwise alchemical pathways for free energy calculations of molecular transformation in solution phase”, J. Chem. Phys., 136(12), 124120, 2012.
T.T. Pham and M.R. Shirts, “Identifying low variance pathways for free energy calculations of molecular transformations in solution phase”, J. Chem. Phys., 135, 034114, 2011. Selected for Virtual Journal of Biological Physics Research 22, 2011.
T.T. Pham, B. Dünweg and J.R. Prakash, “Collapse dynamics of copolymers in a poor solvent: Influence of hydrodynamic interactions and chain sequence”, Macromolecules, 43, 10084, 2010.
T.T. Pham, U.D. Schiller, J.R. Prakash and B. Dünweg, “Implicit and explicit solvent models for the simulation of a single polymer chain in solution: Lattice Boltzmann vs Brownian dynamics”, J. Chem. Phys., 131, 164114, 2009. Selected for Virtual Journal of Biological Physics Research 18, 2009.
Book Chapters
Gallaud E., Pham T., Cabernard C., “Drosophila melanogaster Neuroblasts: A Model for Asymmetric Stem Cell Divisions”, Results and Problem in Cell Differentiation, 61, 183-210, 2017.
BIOL 355 Critical Research Reasoning
BIOL 456 Biology Research Design
BIOL 502 Research Methods
BIOL 520/720 Statistical Methods in Life Sciences
BIOL 590 Research Analysis in Life Sciences